ごくまれに道路など立ち木や草などによって、道路標識が見えなくなっている場合があります。
例えば、交差点を曲がるとき進入禁止の標識や時間で曲がれないような道路標識があり、それが木や草などで隠れてしまっていたら違反になるでしょうか？

この場合は違反にはなりません。

標識による交通規制は各都道府県の公安委員会が設置、管理されていてその設置、管理について次のように定められています。

歩行者、車両または路面電車がその前方の見やすいように、かつ、道路または交通の状況に応じて必要と認める数のものを設置し、管理しなければならない。とありますので、道路標識は必ず見やすい位置になければならないということです。

ですが、、標識が見えるかどうかで、運転手と警察官の間でもめることもあると思います。

しかも、道路標識が見えにくい原因が、木などの場合は、あとでその邪魔してた木を証拠隠滅に切られてしまうかもしれません。

そんなことが起こらないように必ずその見えにくい標識の写真を携帯でも何でも撮っておくことが大事です。